Secara historis MTs Negeri 1 Cilacap telah mengalami perjalanan sejarah yang teramat panjang. Sebelum ditetapkan menjadi MTs Negeri 1 Cilacap, madrasah ini adalah MTs Negeri Majenang, yang bermula dari sebuah Pesantren Darutsawab, maka berdirilah lembaga pendidikan formal yang bernama Madrasah Tsanawiyah Ma’arif Geblogan yang terletak di grumbul Geblogan bagian dari desa Pahonjean Kecamatan Majenang Kabupaten Cilacap. Pesantren tersebut dibawah asuhan KH. Rosidin dibantu oleh kedua putranya yang bernama K. Imam Bulqin dan K. Imam Thobroni. Berdirinya MTs Ma’arif Pahonjean berawal tuntutanjaman yang dibutuhkan bukti otentik pendidikan formal, tidak cukup non formal (Pesantren) untuk itu para Tokoh pada waktu itu diantaranya KH. Samngaini, KH. Rosidin, K. Imam Bulkin, K. Imam Tobroni, K. Mukti Ibrahin, K Imron Asmuni, Drs. KH. Bunyamin, Drs. H. Chujjirna, BA. Nama MTs Ma;arif Pahonjean yang waktu itu muridnya yang juga santri Pesantran Darustsawab dapat belajar baik pendidikan forman dan non format untuk pegangan menjalani hidup kedepannya. Pada tahun 1971, nama Ma’arif berubah menjadi DARWATA (Darul Tarbiyah Watta’lim), dan sebagai Kepala Madrasah adalah K. Imam Thobroni. Pada waktu itu siswanya sedikit, karena tidak semua santri mau belajar di lemaga pendidikan formal, namun tahun demi tahun akhirnya siswa MTs Darwata semakin banyak seiring dengan kebutuhan akan Ijazah Formal.
Pada tahun 1980 MTs Darwata Geblogan menjadi MTs Negeri Karanganyar Filial di Pahonjean dengan KS Dirjen Binbaga Islam Nomor : KEP/E-II/1980 tanggal 22 September 1980 dengan Kepala Madrasah Chujjirna BA. Pada saat itu siswanya cukup banyak kurang lebih 500 siswa. Pada tahun 1982 Chujjirna BA. digantikan oleh Drs. Bunyamin, dalam kurun waktu 9 tahun jumlah siswa MTs Negeri Karanganyar Filial di Pahonjean mengalamai pengurangan seiring dengan berdirinya madrasah-madrasah swasta di sekitar Majenang.
Pada tahun 1991 Madrasah Tsanawiyah Negeri Karanganyar Filial di Pahonjean meningkat statusnya menjadi mandiri menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri Majenang Kabupaten Cilacap dengan SK Nomor : 137 Tahun 1991, Kepala Madrasahnya adalah Drs. H. Bunyamin, tanah yang ditempati MTs Negeri Majenang saat itu adalah tanah Wakaf milik Masjid Baitul Mu’minin Geblogan.